Η πρωκτεκτομή αφορά κυρίως ασθενείς με νόσο  του Crohn εκ των οποίων περίπου το 20% θα υποβληθεί σε επέμβαση για την αντιμετώπιση προβλημάτων περιπτωκτικής νόσου. Η περιπρωκτική νόσος περιλαμβάνουν τα δερματικά ράκη, οι ραγάδες, τα έλκη, οι στενώσεις, τα αποστήματα και τα συρίγγια. Επίσης, οι ασθενείς με νόσο του Crohn έχουν αυξημένο κίνδυνο ανάπτυξης πλακοκυτταρικού καρκίνου και αδενοκαρκινώματος του πρωκτού.

Ο ασθενής με διαγνωσμένη νόσο του Crohn θα πρέπει να απευθύνεται πάντα σε Χειρουργό με μεγάλη εμπειρία στις παθήσεις του παχέος εντέρου. Λόγω των ειδικών προβλημάτων των συγκεκριμένων ασθενών, ένας έμπειρος χειρουργός, αντιμετωπίζει χειρουργικά μόνο όταν είναι απολύτως αναγκαίο τις αιμορροϊδες και τις επίμονες ραγάδες χωρίς συνοδό πρωκτίτιδα. Στις περιπτώσεις αυτές διενεργεί σφιγκτηροτομή. Επίσης, διανοίγει με ειδικές τεχνικές, τα περιπρωκτικά και ορθοκολπικά συρίγγια.

Για τα μεγάλα και βαθιά ορθοπρωκτικά έλκη που προκαλούν έντονο και ανυποχώρητο πόνο, εάν αποτύχει η φαρμακευτική θεραπεία, ή η θεραπεία με τοπικό καθαρισμό και τοπική διήθηση με κορτιζόνη, εάν υπάρχει πολύ επιθετική και καταστροφική νόσος στον πρωκτό, τότε μόνο διενεργείται  πρωκτεκτομή με κολο-πρωκτική αναστόμωση.

Η πρωκτεκτομή έχει υψηλό ποσοστό κινδύνου  (25% -50%) να μην επουλώνεται, να δημιουργεί συρίγγια στο περίνεο και να απαιτηθεί εκτροπή των κοπράνων. Η εκτροπή μπορεί να προκαλέσει με τη σειρά της προοδευτική στένωση και κατακράτηση υγρών του ορθού με συνέπεια την περαιτέρω επιδείνωση της.