Το ορθοκολπικό συρίγγιο μπορεί να προκληθεί από τραυματισμό κατά τη διάρκεια του τοκετού (σκισίματα στο περίνεο που εκτείνονται στο έντερο ή λοίμωξη ή σχίσιμο μιας χειρουργικής τομής), από τη νόσο Crohn ή σε άλλη φλεγμονώδη νόσο του εντέρου.

Στις γυναίκες, μπορεί να οφείλεται σε ανώμαλη σύνδεση μεταξύ του κατώτερου τμήματος του παχέος εντέρου (του ορθού) και του κόλπου ή σε κολπική λοίμωξη. Μπορεί να προκληθεί επίσης κατά τη θεραπεία ακτινοβολίας ή στην περίπτωση καρκίνου στην περιοχή της πυέλου ή σε επιπλοκή μετά από χειρουργική επέμβαση στην πύελο.

Το ορθοκολπικό συρίγγιο μπορεί να προκαλέσει επαναλαμβανόμενες λοιμώξεις του ουροποιητικού ή του κόλπου και να δημιουργήσει απόστημα.

Το ορθοκολπικό συρίγγιο αντιμετωπίζεται χειρουργικά με διαπρωκτική τεχνική και την χρήση του ενδοορθικού βλεννογονικού κρημνού ή παρασκευή του ορθού – κόλπου και παρέμβαση δέρματος μεταξύ τους ή συνθετικού μοσχεύματος.